Можно! Но есть нюанс: не забудьте про воду, а то банка лопнет прямо в микроволновке, и придётся убирать осколки. Я обычно стерилизую так: вода на дно, максимальная мощность, 3 минуты — и готово. Если банка большая, лучше её перевернуть и обработать по частям.