У меня такое случалось, когда варил магазинное мясо. Домашнее или фермерское обычно тонет. Думаю, это связано с тем, что в промышленном мясе может быть больше влаги из-за предварительной заморозки или обработки. В любом случае, если мясо всплыло, но запах и цвет нормальные, ничего страшного. Просто тщательно снимайте пену и не кипятите бульон, чтобы он остался прозрачным.